Фамилия Клыпин образована от прозвища Клыпа. В его основе, вероятно, лежит глагол «клыпать» — «ковылять, хромать, припадать на ногу». В некоторых говорах так называли человека с больной, неразгибающейся или увечной рукой. Прозвище, таким образом, указывало на физическую особенность: хромоту или плохо работающую конечность.

Версия с глаголом «клыпать» — основная, но не единственная. Учитывая, что прозвище Клыпа встречается в новгородских землях (Иван Клыпа, 1603 год), нельзя исключать и диалектное происхождение от слова «клыпа» в значении «клюка, костыль». В этом случае прозвище могли дать тому, кто ходил с опорой, — смысл остается близким к хромоте.

Фамилия образована по простой и распространенной модели: к основе Клып- добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Клыпы» или «потомок Клыпы». Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

О ранней истории фамилии говорят архивные записи. В исторических актах упоминается крестьянин Митрофан Клыпин (1660 год, Устюг). Эта запись показывает, что к середине XVII века фамилия уже закрепилась в северных русских землях, в Поморье. Географическая привязка к Устюгу и Новгороду — важная деталь: она указывает на возможный ареал распространения прозвища и фамилии среди крестьянского и посадского населения Русского Севера.

Суффикс -ин в фамилии Клыпин типичен для северных и центральных областей России, где притяжательные фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение или принадлежность к местности, Клыпин — фамилия «патронимическая», прямо указывающая на прозвище конкретного предка.