Фамилия Клыпины — один из примеров того, как русская фамилия рождалась из живого, меткого прозвища. Её основа — слово «клыпа», которое в старых русских говорах означало человека с заметным дефектом походки или движения. Глагол «клыпать» — «ковылять, хромать, припадать на ногу» — и дал это прозвище. Но в некоторых диалектах «клыпой» называли и того, у кого была больная, неразгибающаяся или увечная рука. То есть прозвище могло относиться и к хромоте, и к проблемам с верхними конечностями.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе «Клыпа» добавили суффикс принадлежности -ин, который указывал на «сына Клыпы» или «человека из рода Клыпы». Такая модель — одна из самых распространённых в России, наряду с -ов/-ев.

Документальные свидетельства подтверждают древность этого прозвища. В источниках, на которые ссылается историк С. Б. Веселовский, встречаем: Иван Клыпа, 1603 год, Новгород; Митрофан Клыпин, крестьянин, 1660 год, Устюг. Эти записи показывают, что уже в XVII веке фамилия бытовала на северо-западе и севере Руси — в новгородских и устюжских землях. Интересно, что вторая запись — это уже не прозвище, а полноценная фамилия, переданная по наследству.

Говорить о точном месте возникновения фамилии сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве родовых имён шёл несколько столетий. Но ясно, что предки современных Клыпиных были людьми из простонародья — крестьянами или посадскими, чьи внешние или физические особенности дали повод для такого прозвища. В отличие от многих фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий, Клыпины хранят память о конкретном, почти зримом образе предка — человека, чья походка или рука выделяли его среди окружающих.