Фамилия Клыпута — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, что и делает разбор особенно интересным. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский, то есть не является типичной «патронимической» (по отцу). Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме прозвища или исходного нарицательного слова, которое «прозвище» обозначало.

Основной вопрос — в корне. Вероятнее всего, в основе лежит диалектный глагол или существительное, связанное с действием. Можно предположить связь с южнорусскими или украинскими говорами, где встречаются слова «клыпати» (хромать, припадать на ногу) или «клыпа» (нечто кривое, загнутое). В этом случае Клыпута — человек с характерной походкой, хромой, или же тот, кто сутулится. Окончание -ута характерно для украинской и белорусской антропонимии (сравните: Кривута, Левута) и придаёт прозвищу оттенок насмешки или фамильярности.

Существует и другая, менее очевидная, версия. В польском языке есть слово «kłopot» — хлопоты, беспокойство. Фамилия Клыпута могла возникнуть как фонетический вариант от польского прозвища «Kłopota» (хлопотун, беспокойный человек). Переход «о» в «ы» в безударной позиции — явление, хоть и нечастое, но возможное при заимствовании и адаптации на восточнославянской почве. Эта гипотеза объясняет и географию: фамилия могла появиться в западных регионах, граничащих с Польшей.

Поскольку фамилия не дворянская и не «закрепилась» за известным родом, её носители в прошлом — это крестьяне или мещане. Прозвище могло закрепиться за одним человеком, а затем перейти к его детям и внукам как фамилия. Встречаемость фамилии крайне низкая, и это говорит о том, что родоначальников было немного, а фамилия не получила массового распространения из-за локального бытования исходного слова или из-за того, что была «заблокирована» более частотными моделями. В современных справочниках фамилия Клыпута практически не фиксируется, что делает её настоящей загадкой для генеалога.