Фамилия Клюканов образована от прозвища или нецерковного имени Клюкан. Основа здесь — слово «клюка», которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, клюка — это палка с загнутым концом, посох, трость, которую использовали путники или пастухи. Но было и переносное, ироничное значение: «клюкой» называли хитрого, изворотливого человека, того, кто «клюёт» — то есть действует исподтишка, с уловкой. В некоторых диалектах «клюка» означала также крюк или изгиб, а глагол «клюкать» — пить хмельное, хотя это значение встречается реже.

Суффикс -ан в основе Клюкан указывает на лицо по характерному признаку или действию. Такая модель (корень + -ан) была типична для прозвищ: она давала оттенок просторечия, бытовой меткости. Клюкан — это человек, которого прозвали за привычку ходить с клюкой, за хитрость или, возможно, за пристрастие к выпивке. Затем к основе Клюкан добавился патронимический суффикс -ов, который в центральной России и на севере был основным способом образования фамилий от прозвищ и мирских имён. Таким образом, Клюканов — буквально «сын Клюкана».

Географически фамилия Клюканов тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в архангельских, вятских, костромских землях, где слово «клюка» в значении «посох» было особенно употребительно. В этих краях пастухи и странники действительно пользовались клюкой, так что прозвище могло закрепиться за человеком, который не расставался с этим предметом. В то же время в южнорусских говорах «клюка» могла означать «клюв» или «крюк», но для фамилии Клюканов эта версия менее вероятна — суффикс -ан чаще встречается именно в северных говорах.

Среди однокоренных фамилий — Клюкин, Клюков, Ключников, но Клюканов стоит особняком из-за редкого суффикса. Если Клюкин образован напрямую от «клюка» с помощью типичного суффикса -ин, то Клюканов сохранил промежуточную форму прозвища, что делает его более архаичным. Такие фамилии часто указывают на более раннее, допетровское происхождение, когда прозвища ещё не были окончательно вытеснены крестильными именами.

В целом, предок Клюкановых — скорее всего, крестьянин или посадский человек, получивший прозвище за внешний признак или повадку. Никакого отношения к знатным родам или служилому сословию эта фамилия, вероятнее всего, не имела: она из тех, что «вышли из народа» и сохранили память о бытовой детали или характере.