Фамилия Клюнина образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -н- с помощью суффикса -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клюнин — это «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Клюня.

Сама основа Клюня — это разговорная или уменьшительная форма. Здесь возможны два основных объяснения, и оба связаны с русскими диалектами.

Первое и самое прямое: Клюня — это прозвище от глагола «клевать» или существительного «клюв». В северных и сибирских говорах «клюня» могли назвать человека с длинным, выдающимся носом, похожим на птичий клюв. Такие прозвища по внешним чертам давали очень часто — они были точными и запоминающимися.

Второе, менее очевидное: Клюня могло быть домашней формой одного из крестильных имён, начинающихся на «Кли-» или «Кле-». Например, Клемент (Климент) или Клеоник. В народной речи их сокращали до Клим, Кленя, а форма Клюня могла возникнуть как вариант с гласной «ю» под влиянием местного произношения. Однако эта версия менее вероятна: прямых исторических записей, связывающих Клюню с каноническими именами, почти нет.

Фамилия Клюнина — женская форма, мужская — Клюнин. Географически фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Там же фиксируются и однокоренные фамилии: Клюнкин, Клюнников, Клюнёв. Все они восходят к тому же прозвищному корню и подтверждают, что основой послужило живое народное слово, а не книжное имя.

Таким образом, предок носителей фамилии Клюнина — скорее всего, человек, получивший прозвище по своей внешности: либо с длинным носом, либо с чем-то, что напоминало клюв. Фамилия эта недворянская, крестьянская или посадская, и её происхождение лежит в той сфере, где прозвища давали по-свойски, метко и на века.