Фамилия Калюнина образована по самой частотной в русском языке модели — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Калюнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Калюня. В основе лежит личное имя или прозвище, а не название профессии или места, что типично для фамилий, сложившихся в крестьянской и мещанской среде.

Корень здесь — кал- (от «калить», «калёный»), а суффикс -ун- образует имя деятеля. Калюня — это человек, который калит, то есть нагревает металл до высокой температуры. Прямое значение: калильщик, кузнец, мастер по закалке. В русских говорах слово «калюня» могло также означать горячий, вспыльчивый человек — перенос по характеру, от того же глагола. Обе версии правдоподобны, но первая (ремесленная) надёжнее, поскольку прозвища по профессии давали чаще, чем по абстрактному качеству.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «калюжина» — лужа, грязь. Однако суффикс -ин в фамилии указывает на мужское прозвище Калюня, а не на женское Калюжа, так что эта версия слабая. Спорных гипотез больше нет: корень прозрачный, словообразовательная модель стандартная.

Фамилия Калюнина — женская форма, а мужская — Калюнин. Встречается в основном в центральных и северных областях России: Вологодской, Архангельской, Костромской. Это косвенно подтверждает версию о кузнечном деле: на Русском Севере кузнецы были особенно востребованы, и прозвища по ремеслу там закреплялись надёжно. В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия не фиксируется — значит, сложилась позже, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по прозвищам отцов.

Сравните с однокоренными фамилиями: Калинин (от «калина», ягода), Калашников (от «калач»), Калюжный (от «калюжа», лужа). Калюнин стоит особняком — он от глагола, а не от предмета или растения, что делает его более «ремесленным» по происхождению.