Фамилия Калюнин — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа оборачивается неожиданным спором. Корень «калюн» не встречается в современном русском языке как самостоятельное слово, поэтому ключ к разгадке лежит в диалектах и старых прозвищах.

Самый прямой путь — через слово «калюный», то есть «грязный, испачканный». В северных и сибирских говорах «калюный» означало «запачканный грязью, нечистотами». Прозвище Калюня могли дать неряхе или человеку, чья работа постоянно пачкала одежду, например, печнику или кожевнику. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калюнин — «сын Калюни» или «человек из семьи Калюни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Есть и менее очевидная версия, связанная с южнорусскими и украинскими говорами. Там «калюж» или «калюжа» — это лужа, болото. Прозвище Калюга давали тому, кто жил у болота или на сырой низине. В этом случае Калюнин — фонетический вариант от Калюгин: звук «г» под влиянием аканья или местного произношения мог перейти в «н». Такие переходы редки, но встречаются в фамилиях, записанных на слух малограмотными писарями.

Третья гипотеза, которую иногда выдвигают, — связь с крестильным именем Каллиник (в просторечии Калюник). Однако эта версия слабая: от имени Каллиник образовались бы фамилии Каллиников или Калугин, а форма Калюн для полного имени неестественна. Скорее всего, это случайное созвучие.

Географически фамилия Калюнин тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской, Кировской областям. Там слово «калюный» в значении «грязный» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении прозвища: оно не стало массовым, а осталось привязанным к конкретным семьям из одного региона.

Таким образом, предок Калюниных с высокой вероятностью был либо человеком, которого дразнили за неопрятность, либо жителем сырой местности. В любом случае, основа фамилии — живая бытовая деталь, а не книжное имя.