Фамилия Клюнин — одна из тех, где разбор упирается не в очевидное ремесло или имя, а в цепочку прозвищ, почти стёртых временем. Искать её корни стоит не в книжных словарях, а в живом народном языке, где слово могло значить совсем не то, что сегодня.

В основе фамилии лежит прозвище Клюня. В русских говорах «клюня» — это не только уменьшительное от «клюка» (палка с загнутым концом), но и человек, который ходит с клюкой, опирается на неё. Такое прозвище могли дать пожилому, хромому или просто сутулому мужчине. Есть и другая, более редкая версия: в некоторых диалектах «клюня» означало «ротозей», «зевака» — того, кто постоянно клюёт носом или замешкается. Какая из них вернее — сказать сложно, но обе указывают на внешнюю или поведенческую примету, а не на занятие.

Суффикс -ин в фамилии — классический русский патроним, отвечающий на вопрос «чей?». Клюнин буквально значит «сын Клюни». Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин часто вытесняли южные -ов/-ев. В документах XVII–XVIII веков Клюнины встречаются в переписях крестьян и посадских людей Вологодчины и Костромской губернии — там, где говоры сохранили слово «клюня» в быту.

С точки зрения словообразования фамилия Клюнин стоит в одном ряду с Клюкиным, Клюшниковым, Клюевым. Все они восходят к корню «клю-» (гнуть, крючить), но каждый по-своему. Клюнин — самый «личный» из них, потому что образован не от предмета (клюка, клюшка), а от прозвища человека. Это делает фамилию более редкой: по подсчётам ономастов, Клюниных в России примерно в десять раз меньше, чем Клюевых или Клюкиных.

Крестьянское происхождение фамилии не означает, что её носители были неграмотны. В XIX веке Клюнины из ярославских и тверских деревень нередко уходили в отходники — плотничали, торговали, становились мещанами в городах. Фамилия не получила дворянского герба или громкой известности, но зато сохранила живую связь с русским говором, где «клюня» — не просто слово, а целый портрет человека.