Фамилия Клюнеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «клюн» — не встречается в современном русском языке как самостоятельное слово, что сразу отсекает простые варианты вроде «от названия птицы или предмета». Чтобы понять корень, нужно заглянуть в диалекты и старые прозвища.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «клюн» или «клюня» — так в некоторых русских говорах называли человека с длинным, выдающимся носом, то есть «клювастого». Сравните с «клюв» и глаголом «клевать»: прозвище Клюн или Клюня мог получить человек с характерной внешностью. Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Клюнеев — сын Клюнея, где Клюней — форма того же прозвища с мягким окончанием. Это типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «клюнуть» в переносном смысле: «клюнуть» означало ударить, толкнуть или обмануть. В этом случае прозвище Клюн могло закрепиться за драчуном или хитрецом. Однако внешностная версия выглядит убедительнее, поскольку прозвища по физическим чертам в русской ономастике встречаются чаще, чем по действиям.

Фамилия явно крестьянская, северно- или среднерусская. Суффикс -еев (вместо более типичного -ов) часто встречается в фамилиях, образованных от основ на мягкий согласный или -й. В справочнике Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как характерные для прозвищной антропонимии, хотя сам Клюнеев там не упомянут — фамилия слишком редкая для словарей.

Географически Клюнеевы встречаются в основном в центральных областях России, единичные записи есть в архивных документах XIX века по Владимирской и Костромской губерниям. Это подтверждает связь с диалектной лексикой северного наречия, где слово «клюн» фиксировалось в значении «нос» или «крючок».

Таким образом, предок современных Клюнеевых, скорее всего, получил прозвище за заметную черту лица — длинный или загнутый нос. Фамилия сохранила это прозвище в неизменном виде, пройдя через века практически без искажений, что делает её ценным свидетельством народной наблюдательности и языковой памяти.