Фамилия Клюненкова — женская форма от Клюненков, и её ключ к происхождению лежит в суффиксе -енков. Это типичный для русских фамилий патронимический суффикс, указывающий на «внука» или «сына» человека, чьё имя или прозвище стало основой. В отличие от распространённого -ов/-ев, суффикс -енков характерен для южных и восточных регионов России, особенно для бывшей Орловской, Курской, Тамбовской губерний и земель Войска Донского. Если ваш предок носил фамилию Клюненков, он, скорее всего, происходил из этих мест и был потомком некоего Клюна.

Основа фамилии — Клюн(а). Это нецерковное имя или прозвище, которое могло возникнуть от слова «клюн» — диалектного варианта «клюв». В таком случае прозвище Клюн давали человеку с заметным, возможно, длинным или крючковатым носом, напоминающим птичий клюв. Русские прозвища по внешним чертам — один из древнейших пластов антропонимии, и Клюн стоит в одном ряду с Носом, Губой или Щекой. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «клевать» в переносном смысле — так могли назвать кропотливого, дотошного человека или, наоборот, того, кто «клюёт носом», то есть засыпает на ходу.

В ономастических справочниках фамилия Клюненков не относится к числу широко известных, но её модель прозрачна. Сравните с однокоренными, но более редкими Клюнов, Клюнков или Клюенков — все они восходят к той же основе. Суффикс -енков, а не -ов, говорит о том, что фамилия закрепилась в крестьянской среде сравнительно поздно, в XVII–XVIII веках, когда в южнорусских говорах активно формировались такие формы. В современных базах данных носители фамилии Клюненкова встречаются рассеянно, но с заметным пятном в Центральном Черноземье и на юге России, что подтверждает региональную привязку.

Таким образом, Клюненкова — это «внучка» или «дочь» Клюна, человека с характерным носом или особым поведением. Фамилия недворянская, народная, и её история — это история прозвища, которое стало родовым именем в русской деревне.