Фамилия Клюшненкова образована от прозвища Клюшень, которое восходит к нарицательному «клюша» (клюка), имеющему значение «палка, трость с загибом». Скорее всего, Клюшнем прозвали сутулого человека. Согласно другой версии, в основе прозвища Клюшень лежит нарицательное «клюша» в значении «род токарного долота, для обточки чугунных пушек». Со временем род Клюшненковых переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов (-а).