Фамилия Клюшниченко — один из тех случаев, когда по суффиксу можно сразу определить географию. Формант -енко типичен для украинской ономастики: он указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Клюшниченко — буквально «сын Клюшника». Такая модель активно работала на Левобережной и Слободской Украине, поэтому корни фамилии стоит искать прежде всего в этих землях.

Основа фамилии — прозвище Клюшник, которое восходит к слову «ключник». Чередование ч/ш (ключник → клюшник) — результат обычных исторических процессов в языке, когда твёрдый [ч] перед некоторыми суффиксами или в разговорной речи переходил в [ш]. Так что Клюшник — та же должность, что и ключник, только в народном произношении.

Ключник в древнерусском быту — фигура не рядовая. В «Русской Правде» ключник назван полным холопом, но при этом он — первый человек в домашнем хозяйстве после господина. Он управлял остальными холопами, собирал доходы, пускал господское серебро в рост, заключал сделки и даже имел собственных рабов и дьяков. По царскому судебнику сельский ключник оставался рабом, но в боярском доме XVI–XVII веков он значил порой больше, чем жена и родня хозяина. Ключник заведовал клетями, строениями, всем домоуправлением. Его жена обычно управляла женской прислугой, если господин не доверял своей жене. Различали ключников княжих, владычных, боярских и царских. При дворе московских царей ключник степенный ведал столовыми припасами, напитками и прислугой, а ключник путевой исполнял те же обязанности во время путешествий государя.

Так что прозвище Клюшник (а за ним и фамилия Клюшниченко) относится к числу профессиональных именований. Предок носителя этой фамилии мог быть человеком, которому доверяли ключи от хозяйства, — от сельской усадьбы до царского двора. Позже прозвище закрепилось как наследственное имя, вытеснив прежнее родовое. Среди однокоренных фамилий — Ключников, Клюшников, Ключник, Ключниченко; все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, указывающими на регион и эпоху возникновения.