Фамилия Клюшницин — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую указывает на его профессию. Основа здесь — слово «клюшник». В древнерусском языке так называли слугу, в ведении которого находились ключи, а значит, и доступ к кладовым, погребам и амбарам. Клюшник — это не просто сторож, а доверенное лицо, управляющий хозяйскими припасами, что-то вроде домоправителя. В боярских и княжеских дворах эта должность считалась важной и почётной.

Фамилия образована по стандартной для русского севера и центра модели: от основы на -а/-я с помощью суффикса -ин. Клюшник → Клюшницин (с наращением -ц- перед суффиксом). Точнее, от прозвища Клюшница или от фамилии Клюшников, которая перешла в разряд притяжательных: «чей сын?» — Клюшницин. Такая форма — с окончанием -ин — типична для фамилий, возникших из прозвищ на -а, -я, или из женских прозвищ. Если бы предка звали просто Клюшник, получился бы Клюшников. Но здесь мы видим более редкий вариант, который указывает на то, что прозвище могло звучать как «Клюшница» (возможно, ироничное, данное расторопному парню), либо фамилия закрепилась именно в той форме, какую дали сыну клюшника.

Встречается Клюшницин преимущественно в Поволжье и на Урале, что неудивительно: именно в этих регионах в XVII–XIX веках активно формировались фамилии по «северной» модели на -ин, -их, -ых. В документах можно найти упоминания крестьян и мещан с этой фамилией, например, в Вятской и Пермской губерниях. Интересно, что фамилия не стала дворянской или купеческой — её носители в основном оставались людьми служилыми, работными или крестьянами, что подтверждает её «ремесленное» происхождение.

Спорных версий здесь почти нет. Корень прозрачный, суффикс типичный. Единственное, что может ввести в заблуждение — схожесть с «клюшкой» (палкой для игры). Но это ложное сближение: «клюшник» происходит от «ключ», а не от «клюка». Так что предок современного Клюшницина, скорее всего, был не спортсменом, а человеком, отвечавшим за хозяйские запасы.