Фамилия Клюшнева — женская форма от мужской Клюшнев, а та образована от прозвища Клюшень. В его основе лежит слово «клюша» (или «клюка») — палка или трость с загнутым концом. Чаще всего такое прозвище давали сутулому человеку, чья фигура напоминала изогнутую клюку. В этом случае прозвище носило описательный, бытовой характер.

Есть и вторая, менее распространенная версия. В ремесленной среде «клюшей» называли особое токарное долото для обточки чугунных пушек. Если предок владел этим инструментом или работал с ним, прозвище могло закрепиться за ним по профессии. Обе гипотезы допустимы, но первая — про сутулость — встречается в ономастике чаще, так как прозвища по внешним признакам давали повсеместно, а узкопрофессиональная лексика реже становилась основой для фамилий.

Сама модель образования — от прозвища на -ень с помощью суффикса -ев — типична для русских фамилий XIX века. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Клюшнев, то есть сын или потомок Клюшня. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где слово «клюша» было в ходу.

Таким образом, фамилия Клюшнева либо напоминает о характерной осанке предка, либо хранит память о старинном ремесле — токарном деле по металлу.