Фамилия Клюшева — женская форма фамилии Клюшев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок по мужской линии. Основа фамилии — «Клюш» или «Клюша». В русском языке слово «клюша» имеет несколько значений, и каждое из них могло дать начало фамилии.

Самое вероятное объяснение — связь с диалектным словом «клюша», которое в разных говорах означало «клюка», «палка с загнутым концом» или «костыль». В переносном смысле так могли прозвать человека, который ходил с клюкой — пожилого, больного или просто опирающегося на палку. Однако не исключено, что прозвище относилось к человеку с характерной походкой или сгорбленной фигурой, напоминающей согнутую клюку. В некоторых областях «клюшей» называли неуклюжего, неловкого человека — отсюда и глагол «клюшить» (идти вразвалку, ковылять).

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от личного имени Клюша, которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Клавдий или Клемент (через народные варианты Клюдя, Клюха). В таком случае фамилия образована по патронимической модели: сын Клюши становился Клюшевым. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, сформировавшихся в XVI–XVII веках.

Фамилия Клюшева встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектное слово «клюша» было в ходу. В этих местах фамилия могла закрепиться за крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище по внешним признакам или манере ходьбы. Редкий вариант написания с буквой «ё» (Клюшёва) указывает на ударение на второй слог и также встречается в документах, но не меняет сути происхождения.

Таким образом, предки современных Клюшевых, скорее всего, были людьми, которых в быту отличали по прозвищу, связанному с физической особенностью или предметом обихода — клюкой. Фамилия не относится к числу аристократических, а отражает народную, живую традицию именования, распространённую в Русском Севере.