Фамилия Клюня — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив исходный суффикс субъективной оценки. В большинстве русских фамилий основа обрастает формантами -ов, -ев или -ин, но здесь мы видим чистую основу с уменьшительно-ласкательным окончанием -я. Это характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -я (Шевченя, Коваля) встречаются чаще, чем в великорусских говорах. Поэтому первая версия происхождения — географическая: предок носителя фамилии жил на территории современной Украины или Беларуси.

Основа «клюн» восходит к диалектному слову «клюн» или «клуня». В южнорусских и украинских говорах так называли отдельную постройку для хранения снопов, мякины и сельскохозяйственного инвентаря — что-то вроде риги или овина. В этом случае Клюня — прозвище человека, который либо жил при такой постройке, либо работал в ней ключником (смотрителем клуни). Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с глаголом «клюнуть» или «клевать»: прозвище могли дать человеку с характерным носом, напоминающим птичий клюв, — но это типичное народное переосмысление, которое ономасты обычно отвергают из-за отсутствия параллелей в документах.

Стоит обратить внимание на суффикс -ун- в основе (клюн-я, а не клюв-я). Если бы фамилия происходила от слова «клюв», мы бы ожидали форму Клювья или Клювин. А «клюн» — это самостоятельное слово, зафиксированное в словаре Владимира Даля с пометой «южное». Таким образом, семантика фамилии твёрдо связана с хозяйственной постройкой, а не с анатомией.

В переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия Клюня не встречается среди московских служилых людей — это дополнительный аргумент в пользу её западнорусского или малороссийского происхождения. В современной России фамилия крайне редкая, её носители сосредоточены в Брянской, Смоленской областях и в Краснодарском крае — регионах, куда активно переселялись украинские крестьяне в XIX–XX веках.

Известных носителей фамилии, вошедших в энциклопедии, нет, но это не умаляет её ценности: Клюня — живой след крестьянского быта, когда человека могли назвать не по отцу, а по месту его работы или жительства.