Фамилия Кникин — редкий пример, где основа настолько неочевидна, что сразу просится на разбор. На слух она кажется исконно русской благодаря суффиксу -ин, который в русской модели образования фамилий означает принадлежность: «чей?» — Кникин, то есть сын или потомок Кники. Но вот с именем или прозвищем Кника всё сложнее: в святцах такого имени нет, а в древнерусском языке слово «кника» не зафиксировано. Значит, корень либо искажён до неузнаваемости, либо пришёл из другого языка.

Самая вероятная версия — фонетическое преобразование. Фамилия могла возникнуть от имени или прозвища Книга. В северных и центральных говорах «г» перед глухими согласными часто оглушалась до «к»: Книга звучало как [кника], отсюда и форма Кникин. Прозвище Книга в старину давали грамотному человеку, писарю, дьячку или книжнику. В этом случае предок носителя фамилии был человеком, имевшим отношение к книгам — переписчиком, учителем или просто начитанным крестьянином. Суффикс -ин указывает на прямое родство: «маленький Книга» или «сын Книги».

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным словом «кникса» (реверанс, поклон). В некоторых говорах «книксать» означало кланяться, приседать. Прозвище Кникса могли дать угодливому или церемонному человеку. Но от «кникса» логичнее была бы фамилия Книксин, а не Кникин — здесь снова выручает оглушение: «кникса» могло звучать как «кника», особенно в быстрой речи.

Географически фамилия Кникин встречается точечно, преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. Она не относится к числу дворянских или широко распространённых — скорее, это фамилия одного корня, возникшая в конкретной местности. По сословной принадлежности её носители, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами, потому что фамилии с отчеством на -ин в этой среде типичны.

Ещё одна деталь: написание фамилии могло колебаться. В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты Кникинъ, Кнекин и даже Гникин (с южнорусским «г» вместо «к»). Но современная форма закрепилась именно как Кникин — краткая, звонкая и недвусмысленно указывающая на прозвищное происхождение.