Фамилия Кобгунова — женская форма, мужская — Кобгунов. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Кобгун. Это слово — редкое и неочевидное, поэтому его разбор требует обращения к диалектной лексике и тюркским заимствованиям.

Первая часть, «коб», в южнорусских и украинских говорах могла означать «удача», «судьба», «рок» (отсюда «кобзарь» — тот, кто поёт о судьбе). В тюркских языках «коб» (kob) — «много», «обильный». Вторая часть, «гун», скорее всего, восходит к тюркскому «гюн» (gün) — «день», «солнце». Таким образом, Кобгун — это сложное имя-пожелание, которое можно перевести как «много дней», «долгая жизнь» или «счастливая судьба». Подобные составные имена были характерны для татарских и башкирских родов, а затем, через смешанные браки или переход служилых татар на русскую службу, проникали в русскую ономастику.

В русской среде слово «коб» имело и другое значение — «колдовство», «чары». В этом случае Кобгуном могли прозвать человека, который «гудит» (издаёт гул, говорит басом), занимается заговорами или ворожит. Эта версия менее вероятна, так как сочетание «коб» + «гун» в значении «колдун-говорун» выглядит искусственно собранным, тогда как тюркская модель образования имён (корень + определение) даёт естественное и осмысленное целое.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Кобгунов — сын Кобгуна. Фамилия могла закрепиться в среде однодворцев или казачества, где были сильны тюркские влияния. Географически она тяготеет к Поволжью и югу России, но встречается редко — носителей можно пересчитать по пальцам. Это не массовая фамилия, а след конкретной семейной истории, уходящей корнями в эпоху, когда русские и тюркские миры тесно переплетались на границах степей.