Фамилия Кочуганова — женская форма фамилии Кочуганов, которая образована от прозвища или имени Кочуган. В русской ономастике суффикс -ов указывает на принадлежность: Кочуганов буквально значит «сын Кочугана» или «человек из рода Кочугана». Модель типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России, особенно для XVI–XVII веков, когда прозвища активно превращались в наследственные именования.

Основа «кочуг» — слово с несколькими возможными значениями. В диалектах русского языка «кочуга» или «кочуг» — это куча, груда, обычно камней или земли. В архангельских и вологодских говорах так называли кучу навоза или мусора. Прозвище Кочуган могли дать человеку неопрятному, медлительному или, наоборот, тому, кто работал с землей — копал, возил, складывал. Второй вариант: «кочуг» как производное от «кочка» — неровность на болоте; тогда прозвище могло относиться к человеку коренастому, приземистому.

В тюркских языках, особенно татарском и башкирском, встречается имя Кочуган (Көчүгән) со значением «переселенец» или «тот, кто кочует». Это не редкость для фамилий Поволжья и Приуралья, где русское население веками соседствовало с тюркским. Фамилия Кочуганова распространена в Челябинской, Оренбургской областях и в Башкортостане — как раз на стыке культур. В этих местах она могла возникнуть и как русифицированная форма тюркского родового имени.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кочуганов, Кочугин, Кочкин — показывает, что все они восходят к одному гнезду слов, связанных с неровностями рельефа или кучами. Но Кочуганова выделяется редким суффиксом -ан, который в русских прозвищах часто придавал оттенок уменьшительности или, наоборот, усиления признака. В любом случае, основа фамилии — не церковное имя, а мирское прозвище, что говорит о крестьянском или посадском происхождении первых носителей.