Фамилия Кодаченко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически означал «маленький», «сын» или «потомок»: Кодаченко — сын или потомок человека по прозвищу Кодак, Кодач или Кодаченко могло быть образовано напрямую от прозвища Кодак. В основе лежит либо тюркское «кодак» (жеребенок), либо украинское диалектное «кодак» — так в некоторых регионах называли разновидность плетки или нагайки. В любом случае прозвище звучало скорее иронично или бытово, а не возвышенно.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с названием знаменитой казацкой крепости Кодак, построенной на Днепре в 1635 году. В этом случае Кодаченко мог получить фамилию как выходец из тех мест или потомок защитников крепости. Однако прямая топонимическая фамилия от Кодака дала бы форму Кодацкий или Кодаков — суффикс -енко чаще указывает на личное прозвище, а не на место жительства.

Фамилия распространена преимущественно в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Днепропетровской областях. В России встречается редко, в основном среди потомков переселенцев с Украины. Сословно фамилия Кодаченко типична для казачества и крестьянства — никаких дворянских корней или родства с известными историческими родами у неё нет. Это фамилия простого человека, которого в быту прозвали Кодаком по какой-то внешней или поведенческой черте, а уже его дети стали Кодаченками.