Фамилия Кодунова — женская форма фамилии Кодунов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Чтобы понять, откуда пошла фамилия, нужно разобрать мужской вариант, который, скорее всего, образовался от прозвища.

Самая вероятная версия — прозвище Кодун связано со старинным русским словом «кодун» или «кадун». В диалектах так называли колдуна, знахаря, ведуна. Это слово — результат фонетического изменения: «колдун» через упрощение группы согласных превратился в «кодун». Подобные переходы в русском языке встречаются: «колобок» и «кодобок» в говорах, «колдун» и «кодун» в старых записях. Так что предок-носитель фамилии мог быть деревенским колдуном, целителем или человеком, за которым закрепилась такая недобрая или уважительная слава.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с личным именем Кодон или Кодун. В древнерусских святцах и именниках встречаются редкие канонические имена, например, Кодрат (от лат. «квадратный»), которые в быту могли сокращать до Кодун. Однако эта версия слабее: слишком мало следов такого имени в документах. Куда надёжнее опираться на прозвищную природу — именно по ней фамилия Кодунов вписывается в ряд «говорящих» русских фамилий от занятий или качеств.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, прибавляли -ов, получая притяжательное прилагательное («чей?» — «Кодунов сын»). Это типично для крестьянских и посадских фамилий центральной России.

Географически фамилия Кодунов встречается не повсеместно, а сгустками — например, в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, где северные говоры дольше сохраняли архаичные формы вроде «кодун». Это косвенно подтверждает диалектную природу основы. Южнее, в черноземных областях, фамилия редка.

Таким образом, Кодунова — фамилия, в основе которой лежит прозвище, означавшее колдуна или знахаря. В отличие от фамилий от церковных имён, она несёт отпечаток народных верований и быта, где граница между знахарством и колдовством была зыбкой, а прозвище часто закреплялось за родом на века.