Фамилия Кодун — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими версиями, и каждая по-своему логична. Главная трудность в том, что основа «код-» в русском языке неочевидна, а значит, корень почти наверняка либо диалектный, либо иноязычный.

Самый простой и частый путь — связать фамилию с глаголом «кодить» (кодировать). Но это ложно: слово «код» в значении «шифр, система знаков» вошло в русский язык только в XX веке, а фамилия, судя по её модели, сложилась намного раньше. Поэтому версия о предке-программисте или шифровальщике — анахронизм, от неё стоит сразу отказаться.

Более надёжная версия выводит Кодуна из диалектного южнорусского или украинского слова «кодло» — так называли род, племя, семейство, иногда с оттенком «ватага, шайка». В этом случае Кодун — человек из определённого рода, «родович». Суффикс -ун- в русских фамилиях типичен для прозвищ, образованных от глаголов или существительных: говорун, шатун, бегун. Он указывает на деятеля или носителя признака. Соответственно, Кодун — это «тот, кто из кодла», «свой, родовой человек».

Третья, менее распространённая гипотеза — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «код» или «куд» означает «сила, мощь», а «кудун» — «силач, крепыш». Учитывая, что фамилия встречается на территориях бывшего Дикого поля, где русские и тюркские племена веками соседствовали, такое заимствование прозвища вполне вероятно. Однако прямых письменных подтверждений этой версии в доступных ономастических словарях нет.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Кодун стоит в ряду патронимических прозвищ на -ун, которые позднее закрепились как фамилии без дополнительного суффикса -ов/-ев. То есть форма «Кодун» — это уже готовая фамилия, а не «Кодунов». Такие «голые» прозвищные фамилии характерны для украинской и южнорусской традиции. Встречаются они и у белорусов.

География фамилии Кодун сегодня неширокая, но показательная: основная масса носителей сосредоточена в западных областях России (Брянская, Смоленская) и в восточной Беларуси. Это как раз зона, где пересекались славянские диалекты и тюркские влияния. Никаких «дворянских корней» или известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — она осталась крестьянской, мещанской, то есть бытовой.

Итог: наиболее вероятно, что фамилия Кодун — это прозвище, данное человеку по его принадлежности к определённому роду («кодлу») или, с меньшей вероятностью, по физической силе (из тюркского). Суффикс -ун прямо указывает на активный признак, а сама фамилия — на южнорусское или украинское происхождение предков.