Фамилия Колдун — один из тех редких случаев, когда прозвище перешло в наследственное именование почти без изменений, не обрастая типичными русскими суффиксами -ов, -ин или -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, образованная напрямую от нарицательного слова. В русской ономастической традиции такие формы чаще встречались на западе и юге России, в частности на Украине и в Белоруссии, где фамилии без суффикса (Колдун, Воробей, Гончар) были нормой. Поэтому географически фамилия Колдун чаще всего указывает на корни из этих регионов.

Основа фамилии очевидна: колдун — человек, владеющий тайными знаниями, занимающийся ворожбой и магией. Однако в крестьянской среде, где и формировалась масса фамилий, это слово не обязательно несло мистический или зловещий оттенок. Чаще всего прозвище Колдун получал знахарь или травник — уважаемый человек в деревне, к которому ходили за лечением и советом. В языческой и раннехристианской Руси колдун воспринимался скорее как практик, а не как слуга нечистой силы. С другой стороны, не исключено, что прозвище могли дать и просто хитрому, изворотливому человеку, умеющему «заговаривать зубы» в переносном смысле.

Слово «колдун» имеет древнюю славянскую этимологию. Лингвисты возводят его к праславянскому *kъldunъ, которое связано с глаголом «колдовать» и, возможно, с корнем «коло» — круг, обряд. В диалектах встречаются вариации: «колдун» могло означать не только человека, но и нечистую силу, а также (в псковских говорах) вид пирожка с начинкой — по ассоциации с «закрытым» тайным содержимым. Но для фамилии основная версия — профессиональное или характерологическое прозвище.

В документах XV–XVII веков прозвище Колдун встречается нечасто, но фиксируется. Например, в актах по Северо-Восточной Руси упоминается крестьянин Колдун (без фамилии) — это подтверждает, что прозвище бытовало в народе задолго до закрепления фамилий. В отличие от фамилий типа Колдунов, которые образованы по патронимической модели («сын Колдуна»), форма Колдун сама по себе говорит о том, что предок носил это прозвище как личное имя и оно не было переделано под стандартную модель.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Колдунов, Колдунков) показывает, что вариант без суффикса — более древний по духу, но менее распространённый. В современной России фамилия Колдун встречается редко, чаще — на Украине, где она звучит органично в ряду таких же «прозвищных» фамилий. Носителям этой фамилии стоит помнить: их предок, скорее всего, был не злым чародеем из сказок, а практичным сельским знахарем или просто человеком с острым языком, за которым закрепилось меткое прозвище.