Фамилия Колдунков — один из тех случаев, когда прозвище или именование предка лежит на поверхности, но не стоит спешить с выводами. Основа здесь — слово «колдун», и первая версия, которая приходит в голову: предка звали Колдун за связь с магией, знахарством или нечистой силой. Однако в ономастике к таким очевидным трактовкам добавляют осторожность: прозвище Колдун в старину не всегда означало злого волшебника. В северных и центральных губерниях России колдунами нередко называли знахарей, костоправов, травников — людей, которые лечили и помогали, но чьи методы казались крестьянам таинственными. Второй пласт — ироничное или бытовое прозвище: Колдуном могли прозвать хитрого, умеющего убеждать человека, или того, кто любил рассказывать страшные истории.

Суффикс «-ков» в фамилии указывает на модель образования, типичную для русских фамилий на «-ов»: сначала появилось прозвище Колдун, от него — притяжательное прилагательное «Колдунков» («чей?» — сын Колдуна), позже закрепившееся как фамилия. Такая форма встречается реже, чем простая «Колдунов», что делает Колдунковых более локальной, возможно, возникшей в конкретной семье или волости. В отличие от фамилий на «-ин» (Колдунин), которые чаще образовывались от женских основ или прозвищ на -а/-я, «-ов» здесь стандартно указывает на мужское прозвище.

География фамилии неширокая. По данным переписей и телефонных справочников, Колдунковы встречаются в основном в Центральной России и Поволжье — в Нижегородской, Владимирской, Ивановской областях. Это совпадает с зоной бытования прозвища «колдун» в значении «знахарь» (севернее его чаще называли «шептун» или «ведун»). Сословно, скорее всего, предки были крестьянами или посадскими: прозвищные фамилии такого типа редко встречались у дворянства.

Однокоренные фамилии — Колдунов, Колдунин, Колдуновский — различаются суффиксами и ареалами. Колдунков стоит особняком: суффикс «-к-» мог появиться из уменьшительной формы прозвища (Колдунок), что даёт ещё одну версию: предка звали не просто Колдун, а ласково или пренебрежительно — Колдунок. В таком случае фамилия буквально означает «сын Колдунка». Это не меняет сути, но добавляет оттенок: прозвище могло быть не устрашающим, а скорее бытовым, даже домашним.

В целом, Колдунков — фамилия прозрачная, но не плоская. За ней стоит не столько мистика, сколько уважение или опаска к деревенскому лекарю, либо просто меткое уличное прозвище.