Фамилия Колдуненков — одна из тех, где основа очевидна, но путь её превращения в фамилию не так прямолинеен. Вопреки первому впечатлению, связь с колдовством не обязательно означает, что предок был колдуном. Разберёмся по порядку.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов- присоединяется к основе «Колдуненк-», а та, в свою очередь, образована от «Колдун» с помощью уменьшительного суффикса -енк- (как в украинских и южнорусских фамилиях: Коваленко, Бондаренко). Таким образом, Колдуненков — это русифицированная форма отчества от прозвища или имени Колдуненко, то есть «сын (или потомок) маленького Колдуна». Двойной суффикс (-енк- + -ов-) — характерная черта фамилий, которые возникли на стыке украинской и великорусской традиций: сначала прозвище оформилось по малороссийской модели на -енко, а затем, при переходе в северные регионы или при записи в официальные документы, к нему добавили типичный русский суффикс принадлежности.

Само прозвище «Колдун» могло иметь три разных источника. Первый и самый редкий — прямое указание на занятие: предок действительно мог знаться с травами и заговорами, быть знахарем или ворожеем. Второй, гораздо более вероятный, — ироничное прозвище, данное хитрому, изворотливому человеку, который умел «отводить глаза» в делах или спорах. Третий вариант — охранительное имя: в дохристианской и раннехристианской традиции детям иногда давали «плохие» имена (Дур, Беда, Колдун), чтобы отвести от них злых духов — считалось, что нечисть не позарится на того, кто и так «нехорош».

Географически фамилия тяготеет к южным областям России, граничащим с Украиной, — Курской, Белгородской, Воронежской, а также к бывшим слободским землям. Именно там была распространена модель образования отчеств на -енко, которая затем, при переписях, часто обрастала русским окончанием -ов. Встречается она и в центральных регионах, но реже.

В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» подобные гибридные формы (украинская основа + русский суффикс) выделены как отдельный тип, характерный для пограничья. Прямого упоминания «Колдуненкова» в классических ономастических трудах нет, но модель абсолютно прозрачна. Единственная редкая деталь: если бы фамилия образовывалась напрямую от слова «колдун» с помощью суффикса -ов, мы бы получили Колдунов — фамилию, распространённую гораздо шире. Колдуненков же указывает на то, что у предка было не просто прозвище, а его уменьшительная форма, возможно, данная в детстве или в насмешку.