Фамилия Коеконова — редкий пример, где за основу взято прозвище Коекон, и его происхождение неочевидно. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), а окончание -а — на женскую форму, то есть изначально это «дочь или жена Коекона». Мужской вариант — Коеконов.

Сам корень спорен. Первая версия связывает его с «коконом» — оболочкой шелкопряда. В русских говорах существовало слово «коконщик» — работник, сматывающий шелк с коконов. Если прозвище Коекон дали такому мастеру, фамилия указывает на конкретное ремесло, распространенное в регионах, где занимались шелководством (например, в южных губерниях). Версия правдоподобна, так как прозвища по профессии — один из главных источников русских фамилий.

Вторая гипотеза сложнее. Она разбивает прозвище на два слова: «кое» (в значении «какой», «который») и «кон» (в древнерусском — «рубеж», «граница», а также «товарищество», «братство»). По этой логике, Коекон — человек, живущий «у какого-то рубежа» (на краю села) либо член некоего «кона» (общины, артели). Эта версия выглядит натянутой: сочетание «кое кон» не зафиксировано в источниках как устойчивое прозвище, и объяснение через «какой-то конец» звучит искусственно.

Намного вероятнее, что мы имеем дело с диалектным искажением или народной этимологией. В некоторых говорах «кокон» произносили как «коекон» — с протетическим звуком. Если так, то фамилия — просто фонетический вариант от «Коконов» или «Коконова», что снова возвращает нас к шелковому ремеслу.

Учитывая редкость фамилии, можно предположить, что ее носители — потомки одной локальной семьи, жившей в местности, где занимались кокономотанием. Сословно это скорее всего крестьяне или посадские люди, так как фамилии на -ов(-а) у дворян обычно образовывались от полных имен, а не от прозвищ, связанных с промыслом.