Фамилия Коёкин образована от прозвища Коёка. Скорее всего, в его основе лежит диалектный глагол «коекать» — «бестолково спрашивать, ходить разиней». Во владимирских говорах слово «коёка» означало «разиня, ротозей». Прозвище, таким образом, указывало на рассеянный или нерасторопный характер человека.

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна. В пермских говорах существовало слово «коек» — так называли род весельца, лопаточки, которой опираются, бегая на лыжах. Если исходить из этого, Коёкой могли прозвать лыжника. Однако связь с глаголом «коекать» и владимирскими говорами выглядит более убедительной: фамилия имеет типичную русскую модель с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. То есть Коёкин — это буквально «сын Коёки» или «потомок Коёки».

Фамилия редкая, её география, скорее всего, связана с Владимирской областью и соседними регионами, где бытовало соответствующее прозвище. В современном употреблении фамилия сохраняет память о диалектном слове, которое почти вышло из живого языка.