Фамилия Кокинда — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с иноземным происхождением или диалектной особенностью. В русской ономастике нет устойчивой модели, по которой фамилию образовали бы от славянского корня с таким окончанием. Суффикс -инда нехарактерен для восточнославянского словообразования, что сразу указывает на необычный путь.

Самая вероятная версия — фамилия происходит от прозвища Кокинда, которое могло быть связано с названием местности или этнонимом. Наиболее правдоподобна связь с топонимом Коканд — городом в Средней Азии (ныне Узбекистан). Выходцев из этого региона в русских документах могли называть «кокандцами», а в бытовой речи — «кокиндами» или «кокиндами». Фамилия Кокинда могла закрепиться за человеком, который приехал из Коканда или торговал с этим краем. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -инда встречаются в южных и восточных областях России, где контакты с тюркскими и среднеазиатскими народами были особенно тесными.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с диалектным словом «кокинда». В некоторых северных говорах «кокинда» могло означать нечто вроде «куколка», «маленькая игрушка» (от «кок» — кукла, игрушка). Однако такое слово нигде не зафиксировано в словарях, и его существование остаётся догадкой. Если прозвище и возникло на русской почве, то суффикс -инда мог быть привнесён из какого-то местного говора или даже из финно-угорских языков, где подобные окончания встречаются.

Ещё один возможный корень — тюркское «кок» (синий, небесный) или «кёк» (корень, основа). В сочетании с суффиксом -инда это могло дать прозвище «синеватый» или «коренной», но такая модель сложна и не имеет прямых аналогов в русских фамилиях.

В любом случае, фамилия Кокинда — штучная. Её носители — это, скорее всего, потомки либо выходцев из Средней Азии, либо людей, получивших прозвище по редкой местной особенности. Фамилия не была распространена в дворянской среде и не попала в массовые списки, поэтому её история — это история конкретных семей, а не целого сословия.