Фамилия Колдодина образована по антропонимической модели, характерной для северных и центральных регионов России: суффикс -ин указывает на принадлежность к лицу женского пола. В данном случае перед нами не мужская форма (Колдодин), а именно женская — Колдодина. Это значит, что фамилия закрепилась в роду через женщину: либо основательница рода носила прозвище Колдода, либо фамилия досталась потомкам по материнской линии (например, в случае внебрачного ребёнка или вдовы, передавшей фамилию детям).

Основа фамилии — слово «колдода». В русских говорах так называли колдунью, ворожею, знахарку. В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля «колдода» — это женщина, занимающаяся колдовством, знахарством. Прозвище Колдода могли дать женщине, которая лечила травами, заговаривала болезни или, наоборот, пользовалась дурной славой у соседей. В ономастике такие прозвища от названий занятий — обычное дело: Колдода, Колдун, Колдунья становились основой для фамилий.

Интересно, что суффикс -ин в женской форме фамилии — редкий случай. Обычно русские фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Кузьмин, Пушкин), но здесь мы видим прямое закрепление женского прозвища. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где женщина играла заметную роль в хозяйстве или общине, либо в условиях, когда фамилию давали по матери (например, в старообрядческих семьях или среди крестьянства, где прозвища передавались через мать).

Географически фамилия Колдодина встречается в основном в Вологодской, Архангельской, Костромской областях — на Русском Севере, где дольше сохранялись архаичные говоры и народные верования. В этих местах «колдода» не обязательно была ругательством: знахарство и травничество считались полезным ремеслом, и прозвище могло быть нейтральным или даже уважительным.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с диалектным «колдовать» (колыхаться, качаться) или с названием птицы «колода» (глухарь), но это маловероятно: прозвище Колдода в говорах устойчиво связано именно с колдовством. Если ваш предок носил фамилию Колдодина, скорее всего, он происходил из семьи, где женщина-знахарка или ворожея оставила заметный след в родовой памяти.