Фамилия Колдынина образована от прозвища или мирского имени Колдыня, а её основа, скорее всего, связана с диалектным словом «колда» — так в некоторых русских говорах называли колоду, чурбан, грубый обрубок дерева. Отсюда Колдыня — человек плотный, коренастый, грузный, либо, в переносном смысле, медлительный и неповоротливый. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колдынин — «сын Колдыни», «из рода Колдыни». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, которые часто давали по внешним или поведенческим чертам.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с древнерусским «колда» в значении «колдовство, чародейство». В этом случае Колдыня могло быть прозвищем знахаря, ведуна или человека, которого подозревали в колдовстве. Однако эта гипотеза слабее, так как в ономастических источниках (например, в словаре Б. Унбегауна) фамилии от «колды» с таким значением не фиксируются как массовые, а бытовые прозвища по внешности встречаются гораздо чаще.

Обратите внимание на редкий суффикс в основе. В русских фамилиях на -ин преобладают основы на твёрдый согласный (Петров — Петровин), а здесь мы видим исходное «Колдыня» с мягким окончанием. Это указывает на диалектную или северную природу прозвища: в северных и сибирских говорах имена и прозвища на -ыня (как Махоня, Грязня) были распространены, и фамилии от них сохранили этот оттенок. В центральной России подобная форма встречается реже.

Географически фамилия Колдынина — нечастая. Следы её бытования можно связать с северными регионами (Архангельская, Вологодская области) и с Уралом, куда переселенцы принесли свои говоры. Встречается она и в Сибири, что подтверждает миграционный путь. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми — прозвище Колдыня не несёт дворянского или служилого оттенка, а описывает конкретного человека из народа.