Фамилия Колдынин — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа — «Колдын» или «Колдыня» — почти не встречается в современных источниках, что заставляет искать корни в диалектах, прозвищах или искажённых формах других имён.

Самый вероятный путь — прозвище, связанное с характером или поведением. В русских говорах слово «колда» или «колдовать» имеет прямое отношение к колдовству, ворожбе. «Колдын» — это человек, которого подозревали в знахарстве, либо тот, кто обладал необычными, «тёмными» знаниями. В крестьянской среде такое прозвище могли дать знахарю, ворожею или просто угрюмому, нелюдимому человеку, которого сторонились. Суффикс -ын указывает на принадлежность: «чей?» — Колдынин, то есть сын или потомок Колдына.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «колды» означает «остался» или «рука» (в переносном смысле — «помощник»). Однако для центральной России, где фамилия фиксируется, такая версия выглядит натянутой: прозвище на тюркской основе редко получало столь характерный русский суффиксальный ряд.

Важно отметить, что фамилия Колдынин — не от имени Колдыня (такого крестильного имени не было), а именно от прозвища. Это сразу отличает её от массы фамилий, образованных от канонических имён. Встречаемость фамилии крайне низкая, распространение — в основном в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает диалектную природу прозвища.

Таким образом, предок носителей фамилии Колдынин, скорее всего, был человеком с репутацией колдуна или знахаря — либо просто получил такое прозвище за замкнутый, тяжёлый нрав. Фамилия сохранила в себе отголосок народных верований и социальных ярлыков, которые в деревне могли закрепиться на века.