Фамилия Колдуба — одна из тех, где при первом взгляде хочется связать её с колдовством и магией. Однако прямой путь здесь, скорее всего, ложный. Основа фамилии — не «колдун», а древнее славянское прозвище или диалектное слово.

Скорее всего, в основе лежит корень «колд-» или «колод-», который в славянских говорах имел значение «колода», «бревно», «толстый обрубок дерева». В украинском и белорусском языках есть слово «колода» — тяжелый чурбан, а также переносное значение: неповоротливый, грузный человек. Суффикс «-уб-» (или «-об-») — редкая словообразовательная модель, характерная для прозвищ, образованных от глагольных основ со значением действия (сравните: «колупать» — «колупа», «ковырять» — «ковыря»). Соответственно, «Колдуба» могло означать человека, который «колдует» — то есть рубит, обтёсывает, обрабатывает дерево, либо же того, кто занимается изготовлением колод (например, для колодцев, для обуви или для крестьянских нужд). Это прозвище плотника, лесоруба или ремесленника по дереву.

Версия с колдовством менее вероятна, хотя и не исключена. Если бы фамилия произошла от слова «колдун», она звучала бы как «Колдунов» или «Колдунский». Форма на «-ба» (как «Гудба», «Жульба») характерна для украинских и западнорусских (белорусских) фамилий, где она обозначала лицо по действию или качеству. Таким образом, Колдуба — это «тот, кто колдует» в прямом, ремесленном смысле: обтёсывает колоды, делает колодки.

Географически фамилия привязана к западнорусским землям: Украина, Беларусь, юго-западные области России (Брянская, Смоленская). Встречается она нечасто, что подтверждает её ремесленный, а не широко распространённый «магический» ореол. Носители фамилии — потомки крестьян или ремесленников, чьё прозвище закрепилось в роду из-за профессии или внешности (грузный, как колода). В современных базах данных фамилия фиксируется единично, что делает её редкой и ценной для генеалогического поиска.