Фамилия Колдубаева — редкий пример, где фамильное прозвище, скорее всего, напрямую связано с ремеслом или родом занятий. В её основе лежит диалектное слово «колдубай» или «колдыбай». В говорах южнорусских и украинских земель так называли человека, который занимался изготовлением или продажей колдунов — это не магические амулеты, а вид вареников с мясной начинкой. В некоторых регионах «колдун» — это пельмень или пирожок, а «колдубай» — тот, кто их лепит или торгует ими. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть поваром, торговцем на ярмарке или кормильцем, чей промысел был хорошо известен в округе.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от прозвища, оканчивающегося на согласный или -й. Форма Колдубаев (а не Колдубаевский) говорит о простом, крестьянском или посадском происхождении: фамилия закрепилась в среде, где ономастикон складывался из бытовых прозвищ. В отличие от дворянских фамилий на -ский, такие фамилии редко фиксировались в ранних документах, но зато плотнее связаны с народной речью. Интересно, что в русских говорах существует и глагол «колдыбать» (ковылять, ходить вразвалку), но он даёт другое прозвище — Колдыба. Для фамилии с суффиксом -ев более логична основа на -ай: Колдубай, а не на чистый глагольный корень.

Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской, Белгородской областям и прилегающим районам Украины — зоне распространения говоров, где «колдун» — это именно кушанье. Встречаются варианты написания с одной «б» (Колдубаев) или с чередованием «а/о» (Колдобаев), но корень везде один. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия могла записываться как Колдубаевъ, а в советское время написание унифицировалось. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище закрепилось за целым родом.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пельменев, Вареников, Пирожков) показывает, что «кулинарные» прозвища в русской ономастике не редкость, но «Колдубаев» стоит особняком: оно не про блюдо вообще, а про мастера, что делает его более конкретным и живым. Если ваши предки носили эту фамилию, можно с высокой долей уверенности предположить, что в их роду был человек, чьё кулинарное ремесло или торговля едой дали начало фамильному имени. Других версий — от тюркских корней или личного имени — для этой фамилии нет, так как звуковой состав не укладывается в известные модели заимствований.