Фамилия Колубаева — редкий пример, где основу можно трактовать и через славянскую лексику, и через тюркские заимствования. В любом случае, перед нами типичная русская фамилия на -ев, образованная от прозвища или имени Колубай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Колубаев, то есть сын или потомок Колубая. Такая модель (основа на -ай/-ей) характерна для русских фамилий из прозвищ, часто с южных и восточных территорий.

Самая прямая версия связывает прозвище с диалектным словом «колуб» — круглый, шар. В этом случае Колубаем могли прозвать человека плотного телосложения, полного или коренастого. Прозвища по внешности давали часто и охотно, поэтому версия выглядит правдоподобно. Менее очевидная, но возможная гипотеза выводит основу из киргизского «колуб» — рука. Тогда Колубай — это «рукастый», то есть мастеровой, умелец, трудолюбивый человек, которого ценили за умение всё делать своими руками. Такое прозвище могли дать в среде, где были сильны тюркские языковые контакты — например, среди оренбургских или уральских казаков.

Подтверждение тому находим в Книге памяти Оренбургской области: там упоминается Колубаев Иван Дмитриевич, 1857 года рождения, со станицы Красноярская Оренбургской губернии. Эта запись — не просто дата и место, а прямое указание на казачью среду бытования фамилии. Оренбургское казачество исторически вбирало в себя и русских, и представителей тюркских народов, что объясняет возможное смешение языковых корней в прозвищах. Таким образом, фамилия Колубаева, скорее всего, сложилась именно в поволжско-уральском регионе, а её носитель мог быть либо казаком-станичником с броской внешностью, либо мастеровым человеком, чьё прозвище со временем закрепилось за родом.