Фамилия Колубако — редкий случай, когда на конце стоит не привычный русский суффикс, а украинско-белорусский формант -ко. В восточнославянской ономастике этот суффикс чаще всего указывает на уменьшительную или прозвищную форму: он превращал личное имя или характеристику в фамилию, закрепляя её за потомками. В данном случае основа «Колуб-» почти наверняка восходит к прозвищу Колуб или Колуба.

Самая прямая версия — связь с диалектным словом «колубать», которое в южнорусских и украинских говорах означает «качать, колыхать, шатать». Прозвище Колуба могли дать человеку с неуверенной походкой, вразвалку, или же тому, кто постоянно раскачивался, сидя на месте. В переносном смысле — нерешительному, «шаткому» в решениях человеку. Менее вероятна, но возможна связь с «колуба» как названием какого-либо предмета или орудия труда — например, в некоторых говорах так называли приспособление для взбалтывания или размешивания. Если прозвище относилось к ремеслу, предок мог быть, скажем, маслобойщиком или сыроваром.

Словообразовательная модель проста: прозвище Колуба + уменьшительный суффикс -ко. Такие фамилии массово возникали на территории современной Украины, юга Беларуси и в пограничных областях России (Брянщина, Курщина) в XVI–XVIII веках. Первоначально это было именование одного человека — «Колубако» (сын или потомок Колубы), а затем закрепилось как наследственное. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казацкая: в реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища на -ко, образованные от глаголов движения или бытовых действий.

Встречается фамилия и в несколько ином написании — Колубейко, Колубенко. Это варианты, возникшие в одном ареале, но с разными суффиксами (-ейко, -енко). Все они восходят к той же основе «колуб-». В современной России фамилия Колубако редка, чаще фиксируется в украинской ономастике, особенно в центральных и восточных областях.

Спорных версий здесь немного: пытаться вывести фамилию от тюркского «кулуба» (раб, слуга) или от греческого «колумб» (голубь) — натяжки без фонетической поддержки. Надёжнее всего держаться славянского диалектного глагола. Итог прост: предок носителя фамилии Колубако — человек, получивший прозвище за манеру ходить или работать, а суффикс -ко закрепил это прозвище за его родом на века.