Фамилия Колубаткина — женская форма фамилии Колубаткин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Колубатка. Основа здесь неочевидная, и разбор стоит начать с самого редкого суффикса -к- и окончания -а, которые в русских фамилиях встречаются нечасто. Обычно фамилии на -ин (Колубаткин) указывают на принадлежность к отцу или главе семьи: «чей?» — Колубаткин, то есть сын или потомок Колубатки.

Корень «колуб-» скорее всего восходит к слову «колубать» или «колубаться» — диалектному глаголу, означавшему «качать», «шатать», «колебать». В говорах северных и центральных областей России так говорили про что-то неустойчивое или про человека, который медлит, раскачивается, не решается. Отсюда прозвище Колубатка могли дать либо непоседливому, вертлявому человеку, либо, наоборот, тому, кто действовал с ленцой, «колубаясь». Вторая версия — связь с «колобком» или «колубом» (круглый предмет), но она слабее, потому что фонетически «колуб-» в этом значении не зафиксировано в устойчивых прозвищах.

Географически фамилия Колубаткин редкая и встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает её диалектное происхождение — именно там бытовали говоры с глаголом «колубаться». В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Колуба, но форма с суффиксом -к- (Колубатка) — уменьшительная или пренебрежительная, что типично для бытовых имён в среде непривилегированных сословий. Сословно предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а не дворянами: фамилии на -ин с такой просторечной основой редко встречаются в родословных книгах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Колубаев, Колубанов, — то Колубаткин отличается именно суффиксом -к-, который придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или ироничной ласки. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, такая модель разбирается как «отчество от прозвища с суффиксом -ка». Таким образом, фамилия Колубаткина буквально значит «потомок того, кого звали Колубаткой», а само прозвище описывало характер или поведение — скорее всего, человека неспешного или качающегося при ходьбе.