Фамилия Колебакин образована от прозвища Колебака. Его основа — глагол «колебать» (качать, шатать, раскачивать). Прозвище могло указывать на характер: так называли человека нерешительного, непостоянного, легко поддающегося чужому влиянию. В народной среде Колебакой также могли назвать ленивого гуляку. Есть и бытовая версия: прозвище мог получить тот, кто качал детей в люльке, то есть пестовал малышей.

Особого внимания заслуживает вторая, кулинарная гипотеза. Слово «кулебяка» — традиционный русский пирог с несколькими слоями начинки (капуста, гречка, яйца, рыба, грибы). Само название пирога, по распространённому мнению, восходит к немецкому Kohlgebäck — «запечённая капуста». В XIX веке французские повара, работавшие в России, адаптировали кулебяку под стандарты высокой кухни, заменив тесто и начинку на более изысканные. Если прозвище Колебака произошло от «кулебяки», то оно могло стать профессиональным именованием — для пекаря, торговавшего этими пирогами, или для страстного любителя этого блюда.

Суффикс -ин в фамилии Колебакин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Колебаки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а или -я. Таким образом, Колебакины — это потомки человека, которого в своё время прозвали за характер, занятие или гастрономические пристрастия.