Фамилия Колюбакин (а в старых документах встречается и вариант Колюбякин) — один из тех случаев, когда у фамилии есть как минимум три равноправные версии происхождения, и выбрать единственную без глубокого генеалогического исследования семьи невозможно. Разберём их по порядку.

Первая и самая прямая версия — прозвище Колюбака, которое давали человеку с веснушками. Такое прозвище, образованное от диалектного «колюбака» (веснушка), сразу и наглядно описывало внешность родоначальника. Вторая версия отталкивается от звукового сходства: «колюбака» в северных и ярославских говорах означала то же, что и «кулебяка» — пирог с начинкой (рыбой, кашей, творогом). Тогда прозвище мог получить не просто любитель поесть, а, возможно, пекарь или торговец пирогами.

Третья версия — топонимическая. Неподалёку от Великих Лук, в Псковской области, существует (или существовала) деревня Колюбаки. В этом случае фамилия указывает на коренного жителя этой местности, который при переезде получил прозвище по названию родного села, а затем и фамилию. Эта версия выглядит убедительно, потому что привязывает фамилию к конкретному региону, где она могла возникнуть независимо от других причин.

Важно, что фамилия Колюбакиных — старинная и дворянская. Документы упоминают её с 1560 года. Род ведёт начало от Дмитрия Федоровича по прозвищу Колюбяка. Его потомки служили в Москве стольниками и стряпчими, получали за службу поместья. Герб рода Колюбакиных внесён в 6-ю часть Общего гербовника дворянских родов. Он разделён на два поля: в правом, голубом — две золотые трубы, а под ними металлический рог и серебряный зуб; в левом, серебряном — знамя и три скрещённые стрелы, обращённые наконечниками вниз.

Какая из трёх версий верна для вашей семьи — сказать без изучения родословной нельзя. Но все они сходятся в одном: фамилия образована от прозвища (личного или по названию деревни) с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?»: Колюбакин — сын или потомок Колюбаки.