Фамилия Колюбаев построена по самой распространённой русской модели — с суффиксом -ев, который присоединяли к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или й. Здесь в основе лежит прозвище или нецерковное имя Колюбай. Вопрос в том, откуда взялось это прозвище.

Вероятнее всего, корень связан с глаголом «колюбать» — в русских говорах это слово означало «качать, колыхать, шатать». Прозвищем Колюбай могли наградить человека с неуверенной, шаткой походкой или, напротив, того, кто любил качаться в гамаке или на качелях. Вторая, менее распространённая версия возводит основу к тюркскому «кол» (рука) и «бай» (богатый, господин) — то есть «богатырь с сильной рукой». Но для русской фамилии, бытовавшей в центральных и северных губерниях, славянская этимология выглядит убедительнее.

По сословной принадлежности Колюбаевы — типичная крестьянская или служилая фамилия. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания помещичьих крестьян и однодворцев с этой фамилией в Рязанской, Тамбовской и Тульской губерниях. В этих краях слово «колюбать» было в ходу, что подтверждает первую версию происхождения.

Интересная деталь: фамилия не слишком распространена, но имеет устойчивое ядро в районе Пронска и Ряжска. Встречается также вариант написания «Колюбаев» с ударением на второй слог, что характерно для южнорусского акающего произношения. Родственные фамилии — Колюбакин, Колюбин — образованы от того же корня, но с разными суффиксами.

Таким образом, предок современных Колюбаевых, скорее всего, получил прозвище за манеру двигаться или за любовь к качанию, а потомки закрепили его в фамилии по отцу.