Фамилия Колюбацкий — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот с личным именем или прозвищем в основе — полная неопределённость. Суффикс -цк- (в форме -цкий) указывает на два возможных пути: либо фамилия образована от названия населённого пункта по модели «кто родом оттуда», либо принадлежала польской или украинской шляхте, где -ский был сословным маркером. Второй вариант для этой фамилии менее вероятен: в исторических документах Колюбацкие не значатся среди гербовых родов Речи Посполитой.

Самая убедительная версия — топонимическая. На карте бывшей Российской империи существовало несколько урочищ и хуторов с корнем «колюб-» или «колюба-». Точнее всего подходит село Колюбаки (вариант написания — Колюбаки) в бывшем Можайском уезде Московской губернии. От него и пошла фамилия: человек из Колюбак — Колюбацкий. Суффикс -цкий здесь работает как типичный «выездной» формант, указывающий на место, откуда человек переселился. Параллель — фамилии Звенигородский, Вяземский, Ржевский: все они строились по одной схеме, только с разной степенью знатности.

Корень «колюб-» затемнён. Возможна связь с диалектным «колюбать» — качать, шатать, либо с прозвищем Колюба — человек с неровной, «шаткой» походкой или непостоянный в решениях. Но эта версия слабее: прозвища на -ба в русской антропонимии редки, и почти всегда они уступают место топонимическому объяснению, если на карте есть подходящий объект. В словаре Веселовского «Ономастикон» фамилия не зафиксирована, что косвенно подтверждает её локальный, а не боярский характер.

Написание через «о» — Колюбацкий — нормативное. Встречающийся изредка вариант «Калюбацкий» — результат аканья, когда в безударной позиции «о» перешло в «а» в устной речи, а потом закрепилось на письме у малограмотных писарей. Фамилия не имеет отношения к слову «колоть» или «колючка»; это случайное созвучие. Носители фамилии традиционно концентрировались в центральных губерниях России — Московской, Тверской, Смоленской, что тоже говорит в пользу происхождения от подмосковного села.