Фамилия Колибеденко — украинская по происхождению, что видно уже по суффиксу -енко. Эта модель (основа + -енко) в XVI–XVII веках закрепилась в Поднепровье, Слобожанщине и на Запорожье как основной способ образования фамилий. Первоначально она означала «маленький» или «сын»: Колибеденко — буквально «сын Колибеды». А вот с основой Колибеда сложнее.

Самый прямой вариант — прозвище от двух корней: коли («когда», «если») и беда. Такие составные прозвища (типа Непийвода, Паливода, Убийвовк) были распространены в среде казачества и крестьянства. Колибеда — человек, которого прозвали за привычку или случай: либо «когда беда» (то есть тот, кто постоянно попадает в переделку), либо, напротив, ироничный совет или оберег — «коли беда» в значении «если уж беда, то терпи». В народной ономастике есть похожие фамилии: Колиберда, Колибаба.

Вторая версия, менее вероятная, — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть основа колиб (в значении «собака», «пёс»), которая могла попасть в украинские степи через татар или ногайцев. Но для фамилии Колибеденко эта гипотеза слабая: суффикс -енко однозначно указывает на славянскую, а не тюркскую модель, и звучание ближе к славянской лексике.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине — Полтавщина, Черкащина, Киевщина. В XIX веке носители Колибеденко чаще всего были государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается.

Интересно, что в написании фамилии иногда путают «и» и «ы»: в старых метрических книгах можно найти вариант Колыбеденко — это влияние местных говоров, где звук [ы] произносили на месте безударного [и]. Но современная норма — через «и».