Фамилия Колиберденко — украинская по форме, что сразу видно по типичному суффиксу -енко, который в XVI–XVII веках в Поднепровье означал «сын» или «потомок» (сравните с русским -ович/-евич). Носитель такой фамилии — потомок человека по прозвищу или имени Колиберда.

Самая сложная часть — основа Колиберд-. Она не встречается в современных украинских или русских именах, поэтому перед нами либо забытое прозвище, либо искажённое заимствование. Наиболее вероятная версия отсылает к диалектному слову «колиберда» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неловкого человека, возможно, от глагола «колибердиться» (суетиться, делать невпопад). В этом случае фамилия образована по простой модели: прозвище → фамилия сына.

Менее популярная, но лингвистически возможная версия — связь с тюркским корнем. В тюркских языках есть слово «kalyberdi» (калыберды) — «остался, уцелел», которое могло стать личным именем-оберегом (давали ребёнку, чтобы болезни и смерть «прошли мимо»). Тогда Колиберд — это адаптированное на украинской почве имя, а Колиберденко — «сын Колиберда». Эта гипотеза правдоподобнее, если учесть, что в Запорожской Сечи и на юге Украины было много тюркских заимствований в антропонимике.

С географией фамилии всё скромно: Колиберденко — редкая фамилия, встречающаяся в основном в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Днепропетровская области). В России она практически не фиксируется, что подтверждает её узкорегиональное украинское происхождение.

В сословном отношении предки носителя фамилии, скорее всего, были казаками или крестьянами. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках оставался фамилией простого люда, а не шляхты (дворяне на Украине чаще носили фамилии на -ский/-цкий). Никаких известных исторических личностей с фамилией Колиберденко не сохранилось — это бытовая, недворянская фамилия, которая дошла до нас без громкой биографии.