Фамилия Колибенко — характерный пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «маленький» или «сын»: Колибенко — буквально «сын Колибы» или «маленький Колиба». Важно не путать его с русским суффиксом -енко, который в украинском языке выполняет роль уменьшительно-патронимического показателя. Фамилии на -енко массово закреплялись в XVI–XVII веках, особенно на Левобережной и Слободской Украине, среди казачества и крестьянства.

Основа фамилии — прозвище Колиба. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны две версии. Первая: от глагола «колибати» (качать, колебать) — в украинских говорах так могли назвать неустойчивого, непостоянного человека или того, кто ходит вразвалку. Вторая, более вероятная: от слова «колиба» — так в некоторых регионах Украины называли шалаш, временное жильё, землянку, а также рыбацкий или пастушеский стан. В этом случае прозвище Колиба мог получить человек, живший в такой постройке, либо владелец временного жилья на промысле. Сравните с фамилией Колыба, которая встречается и в русских землях (от слова «колыбать» — качать), но там семантика иная.

Географически фамилия Колибенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также к южным регионам, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В списках Войска Запорожского встречаются носители фамилии Колыба, а Колибенко — её более поздняя патронимическая форма, которая могла возникнуть, когда прозвище отца стало фамилией сына. В русских переписях XIX века эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её сугубо украинские корни.

С точки зрения словообразования, фамилия Колибенко стоит в ряду таких же патронимов от прозвищ на -а: Шевченко (от шевец — сапожник), Гончаренко, Коваленко. Суффикс -енко здесь присоединяется к основе, оканчивающейся на -а, без каких-либо изменений (Колиб-а + -енко). Это отличает её от фамилий, где основа оканчивается на согласный (например, Павленко от Павло). Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или казацким — фамилии на -енко редко встречались среди шляхты, предпочитавшей формы на -ский или -ович.

Таким образом, Колибенко — фамилия, которая прямо говорит о происхождении её первого носителя: он был сыном человека по прозвищу Колиба, жившего, вероятно, во временном жилье или отличавшегося особой походкой. Никакой тайны или высокого происхождения здесь нет, но есть живая связь с бытом и языком украинского народа XVII–XVIII веков.