Фамилия Колисниченко — один из вариантов распространённой украинской фамилии Колесниченко, образованной от прозвища Колисник (или Колесник). В основе лежит украинское слово «колісник» — «колесник, ремесленник, изготовлявший колеса, телеги и кареты». Это типичное «профессиональное» именование: предок носителя фамилии занимался колёсным делом. В старину изготовление колеса было трудоёмким процессом: от бревна отрезали болванку, обтачивали её (заготовка называлась «ступка»), затем накалывали и строгали спицы, набивали ступицы и гнули обод в специальном «парнике».

Суффикс -енко указывает на происхождение по отцу: Колисниченко буквально означает «сын Колисника». Чередование «о» и «и» в первом слоге («Колисниченко» вместо «Колесниченко») — фонетическая особенность, характерная для южных говоров украинского языка. В официальных документах XIX–XX веков обе формы встречаются как взаимозаменяемые, что подтверждают записи в Книгах памяти: старший бухгалтер Иван Афанасьевич Колисниченко (1897 г. р., село Борисовка Криворожского округа) и Ипат Степанович Колисниченко (уроженец села Калаглен Одесского района).

Помимо основной версии — ремесленной — существуют две менее распространённые гипотезы. В оренбургских говорах «колесником» называли человека в очках или пенсне. Кроме того, у слова «колесник» встречалось переносное значение — «шалун». Однако обе эти версии уступают профессиональной: подавляющее большинство носителей фамилии (и её варианта Колесниченко) сосредоточено в исторических регионах Украины, где колёсное ремесло было массовым. География ранних упоминаний это подтверждает: в Книге памяти Хабаровского края записана Анна Ивановна Колисниченко (1892 г. р., Польша), а в Книге памяти Свердловской области — Василий Ефимович Колисниченко (1912 г. р., станица Надежка Краснодарского края). Оба случая — результат позднейших миграций, а исходный ареал фамилии — юг Украины и причерноморские степи.