Фамилия Колмагорцев — типичный пример «географической» фамилии, указывающей на родину предка. Её основа — прозвище Колмагорец, которое давали выходцу из села Холмогоры (в старину его называли Колмогоры). Это одно из древнейших поселений Архангельской области, известное с XIV века. Первую деревянную крепость там поставили новгородцы в конце XIV — начале XV века, а в 1613 году выстроили четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями, успешно выдержавший осаду польско-литовского войска.

Холмогоры — место знаковое в русской истории. Именно отсюда в 1492 году ушёл в Данию морской караван с зерном, проложив торговый путь на европейские рынки. А ещё это центр знаменитого промысла — резьбы по кости, холмогорского косторезного искусства. Поэтому прозвище Колмагорец могло звучать весомо: оно связывало человека не просто с конкретным селом, а с местом, где сходились торговля, оборона и ремёсла.

Модель образования фамилии проста: прозвище на -ец (Колмагорец) + фамильный суффикс -ев. Такой способ — один из самых распространённых для прозвищ, заканчивающихся на согласный. Суффикс -ев присоединяется к основам на мягкий или шипящий согласный, что и произошло в данном случае. По той же схеме возникли фамилии вроде Донец — Донцев, Чернец — Чернцов.

В документах начала XX века фамилия встречается в Тюменской области, что не случайно. Переселенцы с Русского Севера активно осваивали Сибирь, и многие «колмогорцы» оседали в Зауралье. Например, упоминаются Колмагорцев Александр Арсентьевич (1936 года рождения, деревня Селезнево) и его отец Арсентий Яковлевич (1908 года рождения, там же). Это подтверждает, что фамилия уже к тому времени прочно закрепилась в сибирских деревнях.

Интересно, что написание через «а» (Колмагорцев) не ошибка, а отражение старого народного произношения. В говорах название «Колмогоры» звучало как «Колмагоры» — с аканьем, то есть с заменой безударного «о» на «а». Так что в фамилии сохранилась живая речь тех, кто нёс это прозвище.