Фамилия Колмагорова распространена на Среднем Урале и в Зауралье. Скорее всего, она образована от названия села Холмогоры, расположенного в низовье Северной Двины в Архангельской области. Известно, что это село было основано новгородцами в XII в. как опорный пункт для торговли с Севером. Село упоминается в документах 1329 г. как Колмогоры. По одной из версий, название Холмогоры восходит к финским словам kalma — «смерть, могила» и kari — «утес», а не к русским словам «холм» и «горы». Чередование гласных о/а в фамилии объясняется историческими изменениями в языке. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Колмагоров, со временем получил фамилию Колмагорова.