Фамилия Колмагина — женская форма, а мужская — Колмагин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Колмаг-», которая напрямую отсылает к названию города Кологрив в Костромской области. В местных говорах и в старых документах это название нередко произносили и писали как «Колмагров» или «Колмагор», а жителя называли «колмагор» или «колмагрин». Со временем звук «р» в середине слова мог выпасть, и «Колмагрин» превратился в «Колмагин». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Колмагин — это «сын колмагора», то есть выходца из Кологрива.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем «Колмага». В диалектах «колмага» (или «колымага») — это тяжёлая, неуклюжая повозка или телега. Такое прозвище мог получить человек медлительный, грузный либо тот, кто делал или чинил такие повозки. Однако географическая привязка к Кологриву выглядит убедительнее: фамилии, образованные от названий городов и сел, в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем прозвищные от названий предметов, а вариант «Колмагин» прямо повторяет модель «житель Кологрива — колмагрин».

Фамилия Колмагин довольно редкая и имеет чёткую географическую привязку к северо-востоку европейской части России — к Костромской и соседним областям. Если ваши предки носили эту фамилию, велика вероятность, что их корни уходят в Кологривский уезд. В сословном плане это могли быть государственные крестьяне или мещане, так как город Кологрив был уездным центром, а его жители занимались в основном сельским хозяйством, лесным промыслом и мелкой торговлей.