Фамилия Колмогорцева восходит к названию села Холмогоры, расположенного в Архангельской области. Село Холмогоры, известное с XIV века, первоначально писалось как Колмогоры. Скорее всего, предок обладателя этой фамилии долгое время жил в этом селе. Указание на происхождение фамилии встречается в исторических документах: «Ивашко Калинин сын Колмагорец родом колмагорец». Этимология древнерусского именования Холмогоры восходит к финским существительным kalma со значением «смерть, могила» и kari, переводящемуся как «утес». Таким образом, существительное «холмогоры» можно трактовать как «утес смерти». Первая деревянная крепость новгородцев в Холмогорах появилась в конце XIV — начале XV века. В 1613 году был выстроен четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями, который успешно выдержал осаду польско-литовского войска. В 1492 году из Холмогор вышел в Данию морским путём караван с зерном для продажи на европейских рынках. Холмогоры также известны и знамениты как центр старинного русского народного художественного промысла – резьба по кости. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Колмогорец, со временем получил фамилию Колмогорцева.