Фамилия Комогорцева — один из тех случаев, когда география говорит больше, чем морфология. Её основа — не профессия, не личное имя и не прозвище, а название древнего села Холмогоры на русском Севере. Именно оттуда, из-под Архангельска, часть крестьян в своё время переселилась на Урал, где фамилия сегодня и встречается чаще всего.

Исходная форма, судя по всему, выглядела как Колмогоров. Дело в том, что село в старину называлось Колмогоры — именно так оно фигурирует в документах XIV–XVII веков. Вариант «Холмогоры» закрепился позже, под влиянием книжного произношения и народной этимологии (сближение со словом «холм»). А в фамилии, уже на уральской почве, произошла утрата начального «л»: Колмогоров превратился в Комогорцев. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность («чей?»), а финаль «-а» — женская форма, то есть Комогорцева — это «жена или дочь Комогорцева».

Само село Холмогоры — место в российской истории заметное. В первую очередь оно известно как родина Михаила Ломоносова. Но и до него поселение было важным центром: первая деревянная крепость новгородцев появилась здесь в конце XIV — начале XV века, а в 1613 году выстроили четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями, который выдержал осаду польско-литовского войска. В 1492 году из Холмогор в Данию ушёл морской караван с зерном — одна из ранних попыток наладить торговлю Северным морским путём. Позже Холмогоры стали центром знаменитого промысла — резьбы по кости, известного с XVII века.

Вероятнее всего, предок Комогорцевых был крестьянином, переселившимся с Севера на Урал в ходе миграционных волн XVII–XVIII веков. Фамилия закрепилась за его потомками, сохранив в себе память о далёких Холмогорах — пусть и в усечённой, разговорной форме.