Фамилия Колодкин образована от прозвища Колодка. Слово «колодка» в русском языке многозначно, и эта многозначность открывает сразу несколько версий происхождения фамилии, каждая из которых по-своему убедительна.

Самая прямая и распространённая версия связывает прозвище с ремеслом. Колодкой называли деревянный брусок, выструганный по форме ступни, — незаменимый инструмент сапожника. Также колодкой именовали болванку для шитья головных уборов и другую деревянную основу для ручной работы. Поэтому предок Колодкиных мог быть сапожником, портным, скорняком или столяром. Человека, носившего прозвище Колодка, часто опознавали по инструменту, с которым он не расставался.

Однако у слова было и менее приятное значение. Колодкой называли тяжёлую деревянную конструкцию — расколотый надвое чурбан с выемкой для ног, в которую заковывали арестантов. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, побывавшим в заключении, или за тем, кто вёл себя грубо и неповоротливо. Не случайно в говорах «колодой» называли неуклюжего, тучного человека — эта ассоциация тоже могла лечь в основу прозвища.

Есть и третья, менее очевидная версия: от диалектного глагола «колодить» — упрямо твердить одно и то же, быть занудным. Если человек повторял одно и то же, его могли прозвать Колодкой.

Одно из ранних упоминаний этого прозвища зафиксировано в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: Колодка Иван Дмитриевич Плещеев, 1568 год. Обращает на себя внимание, что прозвище носил представитель старинного боярского рода Плещеевых, а не простой крестьянин или ремесленник. Это говорит о том, что прозвище Колодка могло даваться не только по профессии или внешности, но и по какой-то яркой черте характера или поведения, причём в самых разных слоях общества.

Фамилия Колодкин образовалась по стандартной русской модели: к основе «Колодк(а)» добавился притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Колодки». Со временем форма закрепилась как наследственная. Это типичная «патронимическая» фамилия, но с прозвищной, а не крестильной основой.